Ancak bir gün, geçirdiği bir trafik kazası sonucu yüzü parçalanır ve hareketli yaşantısı sona erer. Bir anda eski arkadaşlarından kimseyi çevresinde bulamaz. Kendisini yalnız ve mutsuz hissettiği böyle bir dönemde, geri kalan hayatını "uyanık rüya" (lucid dream) denilen güzel hayallerle yaşatmaları için bir şirketle anlaşma imzalar. Böylece bu kişinin zihninde istediği yaşta, istediği fiziksel görünümle, istediği kişilerle suni bir hayat yaşatılır. Ancak tıpkı bir rüyada olduğu gibi kişi kendisine izlettirilenlerin bir hayal olduğunun farkında olmadan, gerçek bir hayat yaşadığı izlenimine kapılmaktadır.
Filmin bir sahnesinde David, arkadaşı Sofia'ya gördüğü rüyalardan nasıl etkilendiğini şöyle anlatır:
David : Nasıl anlatsam, çok korkunç bir rüya gördüm... Aşağı arabama iniyorum, arkadaşım vardı... orada ve yanıma geldi... Korkunç bir şekilde arabayı sürüyordu. O üzgündü, nasıl anlatsam... arabayı köprüye doğru sürdü...
Sofia : O anda işe mi gidecektin?
David : Olabilir. Sonra kolum ve yüzüm paramparça olmuştu. Ama daha da kötüsü... uyanamıyorum...
David : Rüyalarım bana zalim şakalar yapıyordu. Beni zorluyorlar. Bazen rüyalarımdan gerçeğe uyanmak istediğim de oluyordu. Ama tekrar rüyama geri dönemiyordum. Yapamıyorum. Rüyalarım her zaman güzel olmazdı...
Filmde bu rüya aynısıyla gerçekleşiyor. Bu rüyayı sanal alemde yaşamaya karar veren David, oluşturulan Matrix ortamında mı yaşarken hatırlatıyor yoksa dejavu olarak, yaşanacak olaylar David'e ilham mı ediliyor? Aslında hepsi iç içe..